崇祯二年六月初一，袁崇焕以十二大罪，私自斩毛文龙于双岛。事后明廷和皇帝非但没有责难降罪，反而下旨宽慰。这到底是忌惮督师之权，还是明廷默认甚至期望此结果呢？

天启元年五月在辽东巡抚王化贞的授命下，毛文龙率197名官兵深入辽东沦陷区并取得“镇江大捷”。但在献俘京师、皇帝告庙的欢庆时刻，辽东经略熊廷弼第一个站出来责难和弹劾毛文龙。

三方兵力未集，而文龙发之太早，致使奴恨辽人，焚戮几尽。灰东山之心，厚南卫之毒；寒朝鲜之胆，夺西河之气 … 目为奇捷，乃奇祸耳。
《明熹宗实录·卷十四》

熊廷弼认为毛文龙贪图小功，而破坏了平辽大计。如果说这是无辜受到“经抚不和”的波及，后面毛文龙就开始自己制造敌人了。

天启二年东江设镇后，为快速增强东江镇实力，毛文龙不断报功向朝廷施压以求增饷增粮，同时也私自开展贸易并把目光瞄向朝鲜。不仅强逼朝鲜让地和助粮，还动辄以奸细之名直接处死朝鲜边民，以致朝鲜官员控诉“文龙与禽兽无异”。

这些挟功索赏、逼迫藩属的行为，不仅朝廷针对东江的舆论发生偏移，毛文龙也迎来了他的第一波弹劾潮，如桀骜跋扈、糜饷冒功、伤残属国等等。但毛文龙并未在意，还和朝廷激化出新的矛盾。

东江设镇以及毛文龙不断索饷，明廷自然要依常规将东江镇纳入封疆管理体系，即在东江设巡抚（或划归山东巡抚），便于朝廷监管东江兵员和粮饷。但毛文龙各种理由反对为东江设置抚署，也不同意勘合东江兵员。

注：毛文龙反对设抚署的理由主要是，孤悬海外难以和朝廷及时沟通、文官掣肘会贻误战机；和朝廷官员（主要是山东）有矛盾，会被他们谋害 …… 不同意勘合的理由是，分散于千里海疆海岛再加上不断有辽民来投兵员也会持续扩充（最高时报兵二十万）。

朝廷不能直接管你，也不能掌握你的兵马数量，还得按你要求供给钱粮并容忍你私自贸易获取财税，那东江和藩镇有啥区别？这不可能不让明廷加深对毛文龙猜忌。所以一些毛文龙和女真接触、交易的消息传至关内，朝廷官员们怀疑毛有异心是很自然的事情。

面对朝廷的质疑和攻击，毛文龙起初还可以用军功和东江镇牵制后金的战略作用来让明廷投鼠忌器。但没多久，毛文龙就和朝廷两位大佬“联手”，击破了这层保护。

而文龙来请饷，每以直捣奴穴为巳任，牵制奴不东为巳功。中朝惑其言，以为即未能捣奴而奴之不来，实文龙之力。不知文龙实不能制奴也。
《督师纪略》

督师辅臣孙承宗接手辽事后，对于毛文龙的评价是，靠吹牛忽悠朝廷。孙承宗的表态，间接逆转了明廷对毛文龙的态度，此后针对他的弹劾不仅变多，还变得更严重。

比如山海关副总兵何可纲，“生文龙，国不幸。用文龙，朝廷不幸”。山东总兵杨国栋详细列出毛文龙的“十大罪”（袁崇焕斩毛的十二罪来源于此）。工科给事中潘士闻弹劾他，克扣军饷、坑骗残杀客商、谎报军功、未复辽东寸土等等。

不知毛文龙是未能知觉朝廷态度，还是无意和朝廷改善关系，他回以朝廷一道晴天霹雳。以回报王化贞当年的提携之恩奏请朝廷，“愿将海外历受官阶，一一归还朝廷，以赎化贞之死”。

一个被朝廷视为藩镇的武将，说出这样的话。朝廷是会觉得他功成不忘旧主，还是认为他这是挟重示威，甚至于逼迫朝廷，大家就各抒己见吧。

功罪原分两途，信赏必罚，系朝廷操柄。毛文龙即使有功，岂得代人赎罪？况奴酋入犯，文龙全不知觉，牵制安在？辄敢言功，乃为失陷封疆之人求宥，藐视朝廷，是何法纪？
《明熹宗实录·卷八十八》

天启不仅严词申斥，还公开责骂毛文龙和东江镇毫无作用。天启的这道批复，可以说是毛文龙命运的标志点。此后明廷和毛文龙的关系，快速恶化并再无回转之机。

为控制毛文龙和东江镇，天启七年三月，兵部王永光和内阁黄立极提议将东江镇由皮岛移至旅顺或盖州，先交由辽东巡抚管辖。

由于时任辽东巡抚的袁崇焕行事过于操切，在朝廷还未制定出明确方案时，就派赵佑和徐敷奏至东江镇着手接收事宜。毛文龙抓住机会，以赵佑和徐敷奏“招诱军民叛逃”，捉拿了赵佑（徐逃回宁远）并奏报朝廷将其斩于石城岛。

措手不及的明廷不得不缓议移镇之事，但对毛文龙的不满和猜忌也进一步加深。崇祯登基处理完阉党后，立刻就将矛头对准毛文龙。命兵部重议东江移镇事宜、以及要求户部和登莱抚院勘合东江兵员。

崇祯元年四月和七月，户部郎中黄中色、登州海防道王廷试分别至皮岛核兵。最终定东江镇兵籍2.8万，年饷银23.52万两、米16.8万石（原额年饷银30万两、米20万石）。

崇祯遂传旨照此拨付东江粮饷，并要求东江退还天启七年和崇祯元年多领的粮饷，计米15.4949万石。这个时候的袁崇焕，还在老家待业中。

毛文龙不愿意也拿不出这么多粮饷，崇祯就要求登莱抚院从当年应发粮饷里直接扣减，即“东江停饷”。皇帝和朝廷能不知道，一个军镇一年不发粮饷的结果么？可以说此时的毛文龙和东江，在明廷和崇祯眼里更像是必须处理的威胁。

毛文龙的回应，在崇祯和明廷看来就是在“肯定”自己的判断。当年闰四月和八月，毛文龙两次率兵渡海至登州闹饷并放狠话，如取南京易如反掌 …… 崇祯虽然没有直接表态，但从他其后十七年对于官员将领的态度可知，他心里必定想杀毛文龙。

理解崇祯的这个心理后，就能明白平台召对（七月十四日）以及赐袁崇焕尚方宝剑时（七月二十四日，阁臣钱龙锡在场），崇祯为何两次都提到调查毛文龙通敌一事。也能明白，袁崇焕离京前与钱龙锡谈及毛文龙时说到“入其军，斩其帅，如古人作手”时，钱龙锡不拦阻也不报告崇祯的原因了。

其实袁崇焕也没一些朋友认为的那么想杀毛文龙。崇祯二年五月，毛文龙亲赴宁远，袁只是劝其放权，没有动手。六月在双岛再次见面，袁也没有直接动手，继续尝试劝其放权回家养老 ……

袁崇焕斩杀毛文龙后，就向朝廷汇报请罪。而崇祯的明旨答复是，毛文龙本就该死：

毛文龙悬踞海上，糜饷冒功，朝命频违，节制不受，近复提兵进登，索饷要挟，跋扈叵测，且通夷有迹，犄角无资，掣肘贫碍。卿能周虑猝图，声罪正法，事关封疆安危，阃外原不中制，不必引罪 ……
《明清史料·甲编册8》

既便有安抚督师、稳定封疆和平辽大业的目的，但能说崇祯没有给毛定罪么？所以己已之变中处理袁崇焕时，就只能说“谋款斩帅”。换句话说“帅”不是被冤杀，而是袁在借“斩帅”行“谋款”。

附录：右都督山东总兵杨国栋劾毛文龙十大罪

专阃海外八年，糜费钱粮无算，今日言“恢复”，明日言“捣巢”，试问所“恢”者何地？所“捣”者谁巢？凤凰城、汤跕等处，若有一人守侯，不致铁山陷失之惨，罪一；

设文龙于海外，原为牵制不敢西向也，数次过河，屡犯宁锦，全不知觉，牵制安在？罪二；

东偏接境朝鲜，辅车相依，乃日以采参、掘金大肆扰害，鲜寔不堪，致生擕贰，罪三；

铁山既失，鲜半入敌，伤残属国，失律殒师，罪四；

难民来归，冐充兵数，或任填沟壑，或仍罹锋镝，掩败为功，罪五；

皮岛孤悬海中，非用武之地，去岁与内臣合谋，请饷百万，竭民膏血，以填苦海，罪六；

零星收降，捏报献俘，假造谩书，欺诳朝廷，罪七；

私通粟帛，易敌参貂，藉是苞苴，为安身之窟，罪八；

通敌接济，事出权宜，坑货至百余万，怨声载道，死亡相继，罪九；

岛中辽民，总凑应点，不满三万，欲冐皇赏，册开十五万，从前侵克钱粮，不计其数，罪十；

《崇祯长编·卷十二》