天启七年九月，刚登基的崇祯碰到了麻烦事，东江银饷奏请由五十七万八千两暴涨至一百万两。这让本就不喜毛文龙的崇祯，在收拾阉党后回复给他三板斧 – 划拨抚署（登莱）、清兵和裁饷。

崇祯元年八月，经两次登岛勘核（户部黄中色和登莱道王廷试），明廷将东江兵额编定为2.8万，士兵月银七钱、口粮一斛。由此东江镇年饷由前一年的银粮各三十余万（实发），分别降至银23.52万两、米16.8万石。

在此过程中除了毛文龙，第一个站出来反对的人是新任蓟辽督师袁崇焕。

今且照该裁定二万八千派饷，每兵照关宁一月银一两四钱、米一斛，岁该银18两8钱，米六石，二万八千名共该银47万零400两，米16万8000石 ……
《度支奏议·覆登抚督师台省覆定东江饷额数疏》

除了额兵，皮岛还有6万左右士兵家属、难民等，加之“丁卯之役”后东江失去了位于朝鲜的屯田，仅靠新定年饷生存必然艰难。所以在兵额编定的情况下，袁崇焕认为只有饷银双倍，东江才能平稳维持下去（其它原因后文详述）。

但此议被崇祯直接否决，并令户部（银饷）和登莱抚署（粮饷）从当年开始以新额派饷。

注：东江的粮饷分为津运（从南直隶漕粮中抽）和山东加派。在准备裁减东江年饷时（崇祯元年七月），崇祯就下旨要求山东将加派由十万石降为八万石。其后又因裁饷、停饷，山东此后实际停止了加派。

毛文龙最初的反抗和天启朝时类似，除了上奏强烈反对裁饷，还多次以奏报“军功”来凸显东江的重要性。但崇祯的答复是，“文龙献俘，似多非实 … 不得但以牵制虚声藉口塞责”，毛文龙进而选择了更为激进的对抗方式。

得知新定额饷的当月，毛文龙率船队至登莱沿海一带游弋并登陆登州夏家瞳（没发生劫掠，自称出海剿敌被暴风吹至山东）。虽然明廷和崇祯对此事未直接表态，但在军饷上给予东江更为强硬的回应。

（崇祯二年四月初六具奏）据此，自去年十月到今，七月无粮矣。草根树皮，遍山淘尽，如知我饥，乘机相犯 ……
《东江塘报节抄》

崇祯元年九月，以东江镇按旧额（天启七年）所领银粮已超出新额为由，停发了当年的军饷。接着下旨要求东江核算上报历年钱粮数额，以证是否冒领。即东江年饷应为银23.52万两、米16.8万石，之前超出这个数的都是忽悠朝廷的骗饷。

按照新的年额，东江镇至少在天启七年和崇祯元年冒领了军饷。正面回应就等同于认罪的毛文龙，就只能顾左右而言它了。

毛文龙先是回奏，这事我无法马上答复，因为近几年登州负责输送的加派常有拖欠，他不能替山东背缺斤少两的锅。“岂历年岛饷钱粮，有取给于东省，而东省拖延未解者，耶然为数岂至若是之多？也容臣再行该省彻底清算以结残局”。

其后在朝廷的催促下，毛文龙只得将东江历年实收的银、粮豆草、布、马、火器、盔甲、兵器等一一罗列上报。虽然也将东江的艰辛（物价高、需养活的人太多、环境艰苦等等）尽述，但字里行间的数字也默默承认了冒领指控。

本年（天启七年）收过京登饷银三十三万一千八百九十一两有余，半买商米，半偿商价；津登杂粮一十九万九千七百三十石有余 …
如年来(崇祯元年)本折四十万，南兵辽兵，均藉其食 …
《东江塘报节抄》

而崇祯和朝廷的回应对于毛文龙来说，不啻于晴天霹雳。

崇祯二年三月，明廷以登莱总兵杨国栋弹劾毛文龙十罪里的“私通粟帛、易敌参貂”，命令前往东江的商船，必须先至宁远接受检查。这种“海禁改道”，等同于掐断了东江镇的私有财源，接着崇祯要求东江得把历年冒领全“吐出来”。

昨催登莱海防道臣（王廷试）钱粮，随执手书云：今岁钱粮，部与布政司俱不肯发，要将往年多领者扣算。然臣以十余万之乘，而受四十万之饷，无衣无食，吁告九重，今反以二万八千为额，复将上年领过钱粮，扣作今年粮饷 ……
《为三军命若悬丝疏》

为防毛文龙不给钱，崇祯下旨户部和登莱抚院，要求他们从崇祯二年应发东江的粮饷里直接扣减前两年冒领的15.4949万石，也就是崇祯二年只需拨付给东江饷米1.3051万石，即“东江停饷”。

这期间袁崇焕在干嘛呢？他在“落井下石”。借着禁海和停饷，再次向东江提出议饷建议。

除了加倍银饷之外，袁崇焕还提出将“饷道”由登莱至皮岛，改为宁远至皮岛，也就是用辽饷来解决东江的缺粮问题。其目的有二：一，军饷不足会导致东江自溃或投敌，这不利于辽事。二，袁崇焕要求毛文龙交权（或听命于他）。

为了给朝廷施压，也是为了加大自身筹码。毛文龙在至宁远议饷之前，再次率兵登陆山东并纵兵劫掠示威（名义上是针对登州抚署以及负责输粮的商民）。不过毛文龙也做出一些妥协让步，不再坚决反对裁饷，转而要求以袁崇焕的提议派饷。

又见，户部题覆督师疏题，东江□□兵二万八千，派饷照依关宁，每兵一月，银一两四钱、米一斛。而户部覆疏每兵一月，银七钱、米一斛，不依督师议照关宁为例。本镇揣，辽事委可担当，定额无容再议，而粮饷必须照依关宁，丝毫颗粒决不可缩饷额。
《明清史料甲编》

值得注意的是，毛文龙的这个奏疏不是直接上呈明廷和御前，而是寄发给登莱道王廷臣。这意味着他此时还不愿意将矛头直接指向朝廷，留有缓和、妥协空间。但朝廷比毛文龙认为的要强硬，不仅再次拒绝了袁崇焕的方案，还坚持要扣减东江冒领的军饷。

到这个时候，东江不仅裁饷、停饷成为定局，还彻底惹怒了皇帝。朝堂上下普遍认为，毛文龙可走的路也就两条了。要么主动卸甲归乡，仰明廷鼻息度日（如戚继光）。要么拥兵自谋，或割据或投敌。督师袁崇焕会希望毛文龙选哪个呢？

所以崇祯二年六月，两人双岛最后一次会面，毛文龙再次拒绝交权归乡之后。自认为需做出担当并为常人所不为的袁崇焕才会暴起发难，也正是因此才有其后明廷的平淡反应以及崇祯的主动宽宥。