1645年，7月14到9月11日，因为反抗清廷“剃发令”，阎应元，和陈明遇带领江阴全城百姓，死守江阴八十一天，杀清军三王十八将、七万余人。清军悍然屠城，最后全城只有五十三人存活。

阎应元在城破时，已经做好殉国的准备。清军破城之日，阎应元坐在江阴城东面敌楼之上，慨然题了一首决别诗在门额之上。诗曰：“八十日带发效忠，表太祖十七朝人物；十万人同心死义，留大明三百里江山。”题诗完毕，阎应元下楼收集残卒，大概一千余人，自己亲自持刀上马，带头冲锋，与蜂拥而至的清军格斗，杀伤大量敌人。

这千余残卒拥着阎应元向西冲杀，想夺门西走。因西方敌人也大量冲至近前，双方撕杀数小时，残卒损失殆尽，阎应元始终无法抵达西门。战况激烈异常，情势非常危急，阎应元勒马冲入小巷中，与清军缠斗，八进八出，背上也被射中三箭。眼见力不能支，阎应元向左右仍在奋战的部下大声喊道：替我向江阴的父老乡亲们说，我无愧于大明！

然后，阎应元拔出腰间短刀自刺其胸自尽，鲜血立刻涌出，但是竟然没能立刻死去。阎应元见自杀不成，脚步踉跄前行，寻到一个湖，跳进湖中，想把自己淹死。

参加起义的义民陆正先紧紧跟随，不忍阎应元淹入湖中，伸手去拽他，哪知道阎应元动作更快，一个猛子就扎到湖里，不见踪影。正在抢救的当口，刘良佐的兵赶来了。刘良佐，江北四镇之一，率先投靠清军，也是这次攻城的主力之一。这些士兵大喊大叫，故意骗陆正先说，我们跟你们阎大人是老朋友，以前都认识。实际上，这些士兵是怕把阎应元给淹死了，想要活捉阎应元，挣一个大功劳，献于清军统帅多罗贝勒博洛。

双方就这么拉扯着，在湖边来回奔跑，找寻阎应元的身体。突然，一个士兵发现，在湖的一面，有一捧头发浮了出来，原来那是阎应元的发髻。好啊，人在这里，士兵们开船过去，把人捞起来，还有一口气，立刻捆住送往大营。

士兵们连拉带拽，将阎应元带到刘良佐的司令部，乾明佛殿。刘良佐正叉开两条腿，坐在佛殿供案之上，在那喝酒。见阎应元被五花大绑推了进来，立刻跳起来，冲上前去，两手拍着阎应元的肩膀哭。

阎应元冷笑道：“别猫哭耗子假慈悲了！事至此，只求一死。速杀我！”多罗贝勒博洛此时已抵达江阴县署，听说抓获了此次敌方主将，急命部下带阎应元前来。阎应元来到县衙堂上，挺立不屈，背向博洛贝勒，骂不绝口。

一清兵见状，恼怒，立刻以长枪刺向阎应元小腿，洞穿之，血涌如水，阎应元坚持不住倒在地上。当天傍晚，阎应元被绑到栖霞庵中，庵中僧人瑟瑟发抖，躲在屋内，不敢做声。半夜里，有僧人闻听隔壁有人大呼“速杀我！”不绝口，似是阎应元的声音。骂了一会儿，寂静无声。天明后，僧人们悄悄走出房门，才得知阎应元早已遇害了。

当晚被俘虏的阎应元的家丁十余人，一一遭到清军拷打询问，凡是不投降的，一刀砍死，扔到坑里与阎应元埋在一处。当时在水边欲救他的陆正先也死在一起，都殉国了。

阎应元其人，乃是一介无名小吏。他先世浙江绍兴人，四世祖阎某曾为“锦衣校尉”，早就搬到北京附近的通州县居住，一直是个北方人。他于1641年担任过江阴的典史，负责缉盗、治安之类的活。上任之初，组织江阴人打过海盗，几箭放倒过一次海盗首领，就因为这微末之本事，被江阴人记住了。

作为一个北方人，他在江阴干得不错，因此被朝廷调往广东英德当主簿，已经是离职状态。典史在明朝是一个不入流的官，偶尔级别大的县会给一个从九品，一般的县都没有品级，仅仅比胥吏大一点。主簿则是正九品，大明王朝倒数第二大的官。阎应元也算政绩出众，升了。但就这么点好事，他也没去成。因为战乱，道路堵塞，实在抵达不了英德，他就带着母亲暂时在江阴城郊的砂山闲居，等待时局好转，然后出发广东。

江阴老百姓要起义，推举领头的人，县里唯一能打的就是典史了。现任典史陈明遇，有心无力，能力一般，没有任何实战经验。主动提出，让打过海寇的前任典史阎应元来主持全城的防务，领导大家的这次起义。

在1645年那个时间段，阎应元其实跟江阴人已经没有什么瓜葛了，随时可以拍屁股走人。阎应元是被江阴百姓临时抓包来干这活的。但他没有退却，也没有推辞，而是慨然应允，勇赴国难。

一介不入流的小吏，凭着他为官历史上仅有的一次小规模剿匪经验，带领全城百姓以无比坚强的信念对抗一支数十万人的野战大军。这种赴死的决心，真如泰山一般，坚韧而果决。

阎应元殉国后，留下正妻马氏，也是北直隶通州人，因“乡居”未陷城中而免于此难，逃过一劫。终因家贫，再没嫁人且无子，以纺织度日，同时抚养嗣子阎运亨成人。马氏为阎家守节大概五十四年左右，年七十七而终。

康熙年间，阎应元的牌位被抬入江阴悯忠寺配祭抗倭的钱錞，康熙二十七年（1688）经江苏学政李振裕批准，阎应元进入了江阴名宦祠。乾隆朝编《胜朝殉节诸臣录》，阎应元也名列其中。

近现代以来，江阴文庙明伦堂一带一直有纪念“三公”（阎应元、陈明遇、冯厚敦）的传统。2005年起有汉服团体、地方文史爱好者为三公做公祭，近年多由文庙/民间社团在相关纪念日组织。

现代，阎公祠于2019年建成开放，约150㎡，分“大变局中的小城江阴”“义民刚烈民性”“挖掘与传承”等展区，含阎应元像、八十一日城防图文；与牌坊、万骨茔、泽枯寺构成“茔—坊—祠—寺”一体。是青少年研学、清明祭扫、赏梅怀忠的重要场所，年超20万人次来此瞻仰阎应元。

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